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色譜柱長度選擇的基本原則:
色譜柱越長，柱效越高。
選擇可以滿足分離度要求的短的柱子。
如果即使是長規格的色譜柱依然無法滿足分離度的要求，請考慮更換固定相或相比。
分離度和柱長的平方根成正比，兩倍的柱長只能增加40%的分離度。
標準柱(25-30m):標準柱長，滿足大部分應用。
短柱(5-15m):通常用于10個組份以下簡單樣品的快速分析。
長柱(50m以上):復雜樣品分析。
要注意極性的使用溫度，柱溫不能超過使用溫度。
固定相按極性相似的原則選擇。
色譜柱的內徑大小、長度都能影響分離率。一般而言，內徑越小，長度越長，分離效果越好，一般柱長為1m-5m (毛細管柱則20m-100m)。
填充劑顆粒一般采用40月-60目，60目-80目及80目-100目大小。長柱子宜用粒度大些的，以減少柱壓降，短柱子則用粒度細的。
氣相色譜中固定液的含量對分離效率的影響較大。一般采用固定液與載體重量之比為15:100-25:100。 采用高靈敏度的檢測器，由于進樣量減少，固定液含量可以降至5:100以下。這樣可以使用較低柱溫，從而提高柱效，縮短分析時間。但固定液用量太少會引起吸附。